Su origen se inscribe en los objetivos de la Reforma Educacional de 1965, realizada por el presidente Don Eduardo Freí Montalva. En 1966, la Sociedad Constructora de Establecimientos Educacionales , construye un edificio de 2 pisos, en un comienzo como Centro de Enseñanza Básica que atendía a 7º y 8º año básico. Rápidamente el establecimiento se transformo en Centro de Enseñanza Media, a partir de 1970, cuyo decreto de aprobación fue el 13 de Julio de 1970. Por Decreto exento Nº 279 del 1 /Julio/ 1985, se autoriza al Liceo B-38 el nombre de Juan Martínez de Rozas, por ser este el nombre de una de las calles que lo circunda y por su trascendencia histórica durante el periodo de La Independencia de Chile y su vinculo con la ciudad de Concepción,
Luego el liceo fue creciendo y expandiéndose, en 1988 se colocó la 1º piedra de lo que hoy es el gimnasio, las cuales fueron inauguradas en 1995. Al pasar de los años y las propias transformaciones que ha sufrido la educación pública en Chile, el crecimiento de la Educación particular Subvencionada, y múltiples factores han incidido en una notoria baja en la Matrícula del establecimiento. Ante lo cual a partir del 2014 los cursos de 5º a 8º año básico de la Ex Escuela República de Argentina se integraron al liceo, lo cual permitió tener la primera promoción de enseñanza básica.
En más de 54 años de existencia el Liceo Juan Martínez de Rozas ha entregado a la comuna de Concepción un gran número de estudiantes egresados de sus aulas , los cuales con el tiempo se han transformado en grandes profesionales. Actualmente con un nuevo e innovador Proyecto Educativo institucional se espera revertir la matricula existente y continuar siendo una alternativa educativa para los habitantes de la comuna.
